Ang pinagmulan ng microscope ay ibinigay na alam ng mga sinaunang tao na ang pagtingin sa mga hubog na salamin o salamin na spheres na may tubig, ginawang maliit ang mga bagay na nakikita. Ito ay pagkatapos na ang unang mga dekada ng ika-17 siglo ay nagsimulang magsagawa ng mga pagsubok gamit ang mga lente upang makakuha ng isang mas malawak na paglaki ng mga bagay. Para sa mga ito ay batay sa unang instrumento na ginawa gamit ang mga lente na may malaking tagumpay na "ang teleskopyo " na ginamit sa kauna-unahang pagkakataon sa mga hangaring astronomiya ni Galileo noong taong 1609.
Sa simula ng ika-20 siglo ang paggawa ng ito ay nakatuon sa pangunahin sa Alemanya at sa mga susunod na taon phase ng kaibahan, fluorescence, holography, panghihimasok, X-ray, ultraviolet light, mga pamamaraan na may mga electron at proton ay binuo. Ang mga computerized microscope para sa dami, dami at pag-aaral ng tatlong-dimensional ay binuo din, ang mga instrumento na ito ay nagbukas ng maraming mga patlang sa lugar ng microscopy. Mula sa taong 1660 hanggang sa kasalukuyan, ang optical microscope ay naging pangunahing haligi para sa pag-aaral ng hindi nakikita. Bagaman, ang resolusyon nito ay tumaas sa paglipas ng panahon sa pagpapabuti ng kalidad ng mga lente pati na rin ang lakas ng pagpapalaki nito.
Noong 1930 ang mundo ng submicroscopic ay pinalawak sa paglikha ng electron microscope na ang pangunahing pagkakaiba sa optical microscope ay ang pagtaas ng 1000 beses na higit pa sa yugto ng pag-magnify ng napansin na materyal, na sinamahan ng isang mas mahusay na kapasidad ng resolusyon na bumubuo ng mas mahusay na kahulugan at pagpapalaki sa mundo ng mikroskopiko.
Mayroong dalawang uri ng pangunahing mga microscope ng electron , parehong naimbento nang sabay ngunit natutupad nila ang iba't ibang mga pag-andar, ito ang:
- Transmission electron microscope (MET): responsable ito sa pag-project ng mga electron sa pamamagitan ng isang manipis na layer ng materyal o tisyu na sinusunod, na sumasalamin ng isang imahe sa isang phosphorescent screen.
- Pag-scan ng electron microscope (SEM): gumagawa ito ng isang imahe na nagbibigay ng impression ng pagiging nasa tatlong sukat. Gumagamit ang mikroskopyo na ito ng tatlo o dalawang puntos kung saan dumating ang mga electron ng sample upang i-scan ang ibabaw ng ispesimen na naisunod.
Karamihan sa mga nagpasimula ng microscopy ng electron sa biology ay nabubuhay pa rin at ang pinakamahalaga ay: Albert Claude, Earnest Fullam, Don Fawcett, Charles Leblond, John Luft, Daniel Pease, Keith Porter at George Palade.