Ang pag-aalinlangan sa relihiyon ay isang uri ng pag-aalinlangan tungkol sa relihiyon, iyon ay, ito ay upang pagdudahan ang mga paniniwala o relihiyosong pagpapakita. Ang pag-aalinlangan sa relihiyon ay hindi dapat malito sa atheism dahil ang huli, sa pangkalahatang kahulugan, ay ang hindi paniniwala sa mga diyos o anumang uri ng mga likas na likas na nilalang, o sa kabilang banda, mas mahigpit na ang posisyon na kinunan ng hindi pagkakaroon ng mga diyos.
Ang nagdududa ay ang mga nagtatalo o kumukwestiyon sa awtoridad o iba't ibang mga phenomena sa relihiyon; ganap nilang duda ang katotohanan o pagiging epektibo ng ilan o marami sa iba`t ibang mga mayroon nang mga kaugalian sa relihiyon. Ayon sa kasaysayan, ang pag-aalinlangan sa relihiyon ay nagmula sa panahon ng klasiko na pilosopo ng Athenian na si Socrates, na nag-alinlangan sa maraming mga pag-angkin sa relihiyon noong panahong iyon.
Ang pagdududa sa relihiyon ngayon sa pangkalahatan ay tumutukoy sa mas maraming pagsubok o pang-agham na pamamaraan at kwento. Ayon sa manunulat, nagtatanghal at mananalaysay na dalubhasa sa mga isyung pang-agham, tagapagtatag ng " Skeptics Society " o "lipunan ng mga may pag-aalinlangan", sinabi ni Michael Brant Shermer sa isang sulat na ito ay isang proseso upang matuklasan ang katotohanan sa halip na kumot na hindi pagtanggap. Samakatuwid ang isang may pag-aalinlangan sa relihiyon ay hindi makapaniwala na mayroon si Jesus o kung gayon ang taong ito ay hindi ang tinaguriang Mesiyas, o hindi rin siya makakagawa ng mga himala.
Ang pag -aalinlangan sa relihiyon ay hindi pareho sa agnosticism o ateismo, bagaman dapat pansinin na sa maraming okasyon ay nagsasangkot sila ng mga pag-aalinlangan na may pag-aalinlangan sa relihiyon at teolohiya ng pilosopiko. Maraming mga taong relihiyoso ang halos palaging nag-aalangan tungkol sa mga pagpapakita ng iba pang mga relihiyon na walang kaugnayan sa kanilang sarili, o hindi bababa sa kung ang dalawang hindi pagkakasundo sa isang partikular na paniniwala.
